Az MS megzavarja az agy azon képességét, ami megmondja a testnek, mit kell tennie. Akár hiszi, akár nem, az agy alvás közben is működik és egy apróság erejéig: emlékezteti az izmokat a légzésre. Az agy és a légző izmok közötti kommunikáció ilyen meghibásodását központi alvási apnoének hívják, és ez a típus a leggyakrabban társul az SM-hez.